１．インボイス交付事業者の保存義務

　インボイスを書面で交付した場合の写し、電子取引で送信した場合のそのデータをそれぞれ、課税期間の末日の翌日から2月を経過した日から７年間納税地等の所在地に保存しなければなりません（消令７０の１３）。

２．インボイス受取事業者の保存義務

課税仕入れを行った仕入税額控除を受けようとする事業者については、インボイスの保存期間は、課税期間の末日の翌日から2月を経過した日から７年間、インボイスの入手が困難な場合の帳簿については同日から５年間納税地等の所在地に保存しなければなりません（消令５０①）。

３．インボイスを電子取引で授受した場合の保存方法

令和6年１月１日以降の電子取引は、電磁的記録保存の方法（法定要件を満たすこと）により保存しなければなりません（検索要件等一定の要件を満たす場合には、その法定要件が緩和されています。）。

４．ETC利用とインボイス保存制度

ETCの利用による適格請求書の保存要件に、各高速道路会社等が運営するETC利用照会サービスからダウンロードした「利用証明書」の保存が義務付けられました。インボイス制度導入に伴う適格請求書の保存義務については、簡易インボイスも対象とされますがETC利用はクレジットカード決済が多くを占めその明細書の記録に負うところが大ですが、クレジットカード明細はインボイスではないため、仕入税額控除要件を満たすことができません。そこで、仕入税額控除要件として「利用証明書」の添付を義務付けたものです。なお、「利用証明書」は各高速道路会社等が運営するETC利用照会サービスからダウンロードしますが、利用ごとには不要で、利用した高速道路会社等毎に任意の通行にかかわる「利用証明書」を１回ダウロード保存すればよいこととされています（国税庁インボイスQ&A問103）。